A Baktoid Fegyverautomaták a Baktoid Fegyvergyár testvérvállalata volt. Mindkettőt a Techno Unió birtokolta és a Kereskedelmi Szövetségnek gyártottak harci eszközöket. Bár a két vállaltnak egy igazgatótanácsa volt, mégis eltérőek voltak egymástól. Míg a Baktoid Fegyvergyár részvénytársaság volt, ami járművek gyártására szakosodott, addig a Baktoid Fegyverautomaták titokban működött és törvénytelenül gyártott harci droidokat és lézerfegyvereket a Kereskedelmi Szövetségnek, ami így létrehozhatta saját droid hadseregét. A Baktoid Fegyvergyár a naboo-i invázió idején nem támogatta a Kereskedelmi Szövetséget, viszont testvérvállalata igen. Így a klónok háborúja alatt a Független Rendszerek Konföderációjának egyik legfőbb beszállítója lett. Gyáraik a Geonosison és más szeparatisták által uralt világokon ontották magukból a harci droidokat. A vállalat megszűnt, miután a Galaktikus Birodalom a Techno Uniót beolvasztotta az újonnan felállított birodalmi katonai-technológiai szervezeteibe.
